Bij de productie van compost verwerkt CNC naast stro en gips vooral grote hoeveelheden paardenmest en kippendrijfmest. Hiermee levert zij een belangrijke bijdrage aan de verwerking van het mestoverschot in Nederland. Verse compost is ruim dertig jaar in Milsbeek geproduceerd. Doordat het proces in de open lucht plaatsvond, ging dit gepaard met uitstoot van ammoniak en geurstoffen. Na jarenlange onderzoeken en proefnemingen in een eigen proeffabriek heeft CNC een productieproces ontwikkeld waarmee een hoogwaardige compost volledig inpandig wordt geproduceerd. Met behulp van geavanceerde technieken worden ammoniak en geurstoffen grotendeels verwijderd uit de vrijgekomen proceslucht. Door een volledig geautomatiseerd proces wordt 'indoor' een compost van hoge kwaliteit geproduceerd. Grote winnaar bij deze manier van composteren is het milieu. Hiervoor kreeg CNC Grondstoffen B.V. in 1996 de Tuinbouwondernemersprijs.